En octobre 1989, une pluie de météorites s’abat sur la petite bourgade de Smallville au Kansas et fait plusieurs dizaines de victimes. Les parents de Lana Lang, alors âgée de 3 ans, sont tués sur le coup par une de ces météorites tandis que le petit Lex Luthor devient chauve.
Cependant de cette catastrophe survient un miracle : un garçon de 3 ans nu assis près de son vaisseau spatial est retrouvé dans un champ de maïs par Martha et Jonathan Kent. Ils le recueillent, le prénomment Clark, et l’élèvent comme s’il était leur fils.
Plus tard, on apprendra que ce n’est pas un hasard si les Kent retrouvent Clark dans ce champ. En effet, Jor-El (le père biologique de Clark) est déjà venu à Smallville il y a plusieurs années et a été aidé par le père de Jonathan qui lui a promis son aide s’il en avait encore besoin. C’est pourquoi Jor-El confie son fils unique à l’enfant de l’homme qui lui a sauvé la vie dans l’espoir qu’il fasse son apprentissage sur Terre avant son retour sur Krypton.
Douze ans plus tard, Clark Kent est un adolescent épanoui. Séduisant et intelligent, il mène une vie de lycéen sans histoire en compagnie de ses amis Chloé, Pete et sa voisine Lana, dont il est amoureux en secret depuis toujours.
Pourtant, Clark se rend rapidement compte qu’il est différent. Doté de super-pouvoirs qu’il n’accepte pas et ne comprend pas, il va mettre du temps à les maitriser. Ces pouvoirs, il va les employer à sauver la vie de nombreuses personnes au dépens de sa vie privée et sociale.
Parmi elles, Lex Luthor revenu à Smallville pour aider son père à faire tourner l’usine familiale. Ils deviennent tous deux amis sans savoir qu’une dizaine d’années plus tard ils se haïront.
La série Smallville raconte, en fait, la jeunesse de Superman, le super-héros connu de tous.